Segons els autors antics, els cartaginesos fundaren cap el segle III a. C., la ciutat de Maó, denominada en aquell temps Magon. Per les restes arqueològiques trobades, sabem que entorn a la plaça de l'Ajuntament i l'antic barri del pont des Castell (plaça de la Conquesta, i carrer Alfons III) hi havia un assentament talaiòtic, on enterraven els seus morts en les coves artificials excavades al barranc que hi ha entre aquesta zona i l'església del Carme, a l'actual baixada al port pel parc d'en Rochina. Aquest petit nucli, fou pres pels romans quan van conquerir l'illa cap a l'any 123 a. C.

Magon es va convertir en una petita però pròspera ciutat comercial, degut a la situació de Menorca dins el Mediterrani. L'any 74 de la nostra era, l'emperador Vespasià, va elevar a la ciutat a la dignitat de municipi, amb el nom de Municipium Flavium Magontaum. Segons un escrit de l'època, a l'any 417 va ésser cristianitzada per Severus, bisbe de Iamo, una activa comunitat jueva que hi havia a Maó. De l'època musulmana (904-1287), sabem que la ciutat com a tal havia desaparegut i que al seu lloc hi havia un castell, que defensava el port.

Alfons III d'Aragó, va manar aixecar una ciutat al solar de l'antiga Magon, amb el nom de Mahon quan va prendre l'illa als musulmans. Amb el canvi de conjuntura política de la Mediterrània, Cap el segle XVI, el port de Maó tornà a prendre una certa importància. Els turcs assaltaren la ciutat cap el 1535, i l'any 1554 es començà la construcció del Castell de Sant Felip a la riba sud de la boca des port, construcció que durant dos segles i mig fou clau a la història de Menorca.

L'illa va ésser ocupada pels anglesos a ran de la Guerra de Successió, que van configurar el Maó actual. El port es va convertir en un centre comercial de gran importància, com a lloc de distribució de mercaderies. Com a conseqüència, la ciutat es converteix en capital de l'illa, tot substituint a Ciutadella, donat que és residència del Governador, motiu pel qual es traslladen els tribunals. A finals del segle XVIII Maó era una ciutat comercial amb uns quinze mil habitants. Quan l'illa va passar a la sobirania espanyola l'any 1802, aquesta situació va canviar de manera radical, sobretot a partir del decret de 1820, que prohibia el lliure comerç de blat i llegums, situació que deixà a la ciutat en un període d'estancament i decadència. Cap a la meitat de segle hi ha un renaixement econòmic amb la introducció de la indústria i la represa de l'activitat comercial. La construcció de la fortalesa de la Mola, amb un penal militar que es faria famós arreu, i la presencia a l'illa d'una nombrosa guarnició, converteix Maó, en una ciutat militar. Durant la Guerra Civil (1936-1939) l'illa va quedar dins territori republicà. Motiu aquest per que els entorns de Maó i la pròpia ciutat ven ésser bombardejats per l'aviació italiana, aliats del bàndol nacional. Superat el període de trauma de la Guerra, la ciutat ha vist el ressorgiment industrial de finals dels anys 50 i el naixement de l'esclat turístic actual.